Analiżi tad-dejta pubblika

Dejta dwar nisel SARS-CoV-2 u d-data meta ttieħed il-kampjun mis-sekwenzi disponibbli miċ-Ċili nkisbu mis-sit tal-Consorcio Genomas CoV2 disponibbli fuq https://auspice.cov2.cl/ncov/chile-global. Dejta tat - tilqim inkisbet minn dejta pubblika mill - Ministeru tax - Xjenza, Teknoloġija, Għarfien u Innovazzjoni disponibbli fuq https://github.com/MinCiencia/Datos-COVID19 (Prodott 83).

Analiżi tal-infettività

Virus psewdotipati li jġorru proteini spike SARS-CoV-2 differenti ġew ippreparati kif iddeskrivejna qabel¹². Fil-qosor, il-psewdotipi SARS-CoV-1 ibbażati fuq l-HIV-2 ġew prodotti f'ċelloli HEK293T billi ġew trasfettati l-pNL4.3-ΔEnv-Luc flimkien mal-vettur korrispondenti tal-kodifikazzjoni SpCD pCDNA-SARS-CoV-2 fi proporzjon molari 1: 1. Plasmidi li jikkodifikaw spike ottimizzat għall-codon nieqes mill-aħħar 19 amino acid tat-tarf C-terminal (SΔ19) magħruf li jevita ż-żamma fir-retikulu endoplasmiku¹² inkisbu permezz ta 'sinteżi tal-ġeni jew mutaġenesi personalizzata mmexxija mis-sit (GeneScript) u kien fihom il-mutazzjonijiet li ġejjin: nisel A (sekwenza ta' referenza), nisel B (D614G), nisel B.1.1.7 (Δ69-70, Δ144, N501Y, A570D, D614G, P681H, T716I, S982A, D1118H), nisel P.1 (L18F, T20N, P26S, D138Y, R190S, K417T, E484K, N501Y, D614G, H655Y, T1027I) u nisel C.37 (G75V, T76I 246, L252Q, F452S, D490G, T614N). Kull preparazzjoni ta 'psewdotip kienet ikklerjata b'ċentrifugazzjoni f'temperatura ta' 859 rpm f'temperatura tal-kamra, ikkwantifikata bl-HIV-3,000 Gag p1 Quantikine ELISA Kit (Sistemi R&D), alikwotata f '24% serum bovin tal-fetu (Sigma-Aldrich) u maħżuna f'temperatura ta' -50 ° C sa użu. Ammonti differenti ta 'viruses psewdotipati (kif determinati mil-livelli tal-proteina HIV-80 p1) intużaw biex jinfettaw ċelloli HEK-ACE24 u 2 siegħa wara, l-attività luciferase ta' firefly ġiet imkejla bl-użu tar-Reaġent ta 'Analiżi Luciferase (Promega) f'Microplate Glomax 48 luminometru (Promega).

Analiżi tan-newtralizzazzjoni

L-analiżi tan-newtralizzazzjoni tal-virus psewdotipati saru essenzjalment kif iddeskrivejna qabel¹². Fil-qosor, dilwizzjonijiet serjali tal-kampjuni tal-plażma (1: 4 sa 1: 8748) ġew ippreparati f'DMEM b'10% serum bovin tal-fetu u inkubati b'5 ng ta 'p24 ta' kull virus psewdotipat matul 1h f'37 ° C u mbagħad, 1 × 10⁴ ta 'ċelloli HEK-ACE2 ġew miżjuda ma' kull bir. Ċelloli HEK293T (li ma jesprimux ACE2) inkubati bil-virus psewdotipat (nisel A) intużaw bħala kontroll negattiv. Iċ-ċelloli ġew lissati 48 siegħa wara, u l-attività ta 'luciferase ta' firefly ġiet imkejla bl-użu tar-Reaġent ta 'Analiżi Luciferase (Promega) f'luminometru Glomax 96 Microplate (Promega). Il-perċentwal ta 'newtralizzazzjoni għal kull dilwizzjoni ġie kkalkulat u l-ID50 ta' kull kampjun ġie kkalkulat bl-użu tal-verżjoni 9.0.1 ta 'GraphPad Prism.

Analiżi statistika

Analiżi statistiċi twettqu bl-użu tal-verżjoni tas-softwer GraphPad Prism 9.1.2. Paraguni ta ’gruppi multipli għal titri ta’ antikorpi newtralizzanti (NAbTs) kontra panel ta ’viruses psewdotipati ta’ SARS-CoV-2 kif ukoll paraguni tar-risposti tan-NAbs skont is-sess u l-istatus tad-duħħan saru bl-użu ta ’test ikkombinat Wilcoxon imqabbad. Il-bidla tal-fattur ġiet ikkalkulata bħala d-differenza tat-titolu tal-medja ġeometrika fl-ID₅₀ meta mqabbel ma 'dak tal-virus psewdotipat tat-tip Wild. Analiżi ta 'korrelazzjoni bejn NAbTs u età jew BMI twettqet bl-użu tat-test ta' Spearman. ANOVA f'direzzjoni waħda u t-test ta 'paragun multiplu ta' Tukey saru għal analiżi statistika ta 'infettività. Valur p ≤0.05 kien ikkunsidrat bħala statistikament sinifikanti.

Approvazzjoni etika

Il-protokoll tal-istudju ġie approvat mill-Kumitat tal-Etika tal-Fakultà tal-Mediċina fl-Universidad de Chile (Proġetti Nru 0361-2021 u Nru 096-2020) u Clínica Santa Maria (Proġett Nru 132604-21). Id-donaturi kollha ffirmaw il-kunsens infurmat, u l-kampjuni tagħhom ġew anonimizzati.

Impatt tal-mutazzjonijiet spike fil-varjant Lambda fuq l-infettività u r-risponsi ta 'antikorpi newtralizzanti

Analiżi ta '3695 sekwenza miċ-Ċili depożitati f'GISAID fl-24 ta' Ġunju^th L-2021 juri dominanza ċara tal-varjanti SARS-CoV-2 Gamma u Lambda matul l-aħħar trimestru tal-kontabilità, flimkien, għad-79% tas-sekwenzi kollha.

Interessanti, dan il-perjodu kien ikkaratterizzat minn kampanja ta 'tilqim massiva li fiha 65.6% tal-popolazzjoni fil-mira (individwi ta' 18-il sena u anzjani) irċevew skema kompleta ta 'tilqim fis-27 ta' Ġunju^th 2021

Minħabba li 78.2% tan-nies imlaqqma bi skema kompluta rċevew il-vaċċin tal-virus inattivat CoronaVac mingħand Sinovac Biotech, aħna fittxew li ninvestigaw l-impatt tal-mutazzjonijiet spike preżenti fil-varjant Lambda fuq il-kapaċità newtralizzanti ta 'antikorpi li jnissel minn dan il-vaċċin.

Għal dan, aħna ġġenerajna viruses psewdotipati bbażati fuq l-HIV-1 SARS-CoV-2 li jġorru l-proteina spike mil-nisel ta 'referenza Wuhan-1 (tip Selvaġġ; nisel A), il-mutazzjoni D614G (nisel B), u l-Alpha (nisel B .1.1.7), Gamma (nisel P.1) u Lambda (nisel C.37) varjanti.

Matul il-preparazzjoni tal-virus, aħna konsistentement osservajna li ċ-ċelloli infettati bil-virus psewdotipat li jġorru l-Lambda spike pproduċew valuri ta 'bijoluminixxenza ogħla meta mqabbla mal-mutant D614G jew il-varjanti Alpha u Gamma li jindikaw infettività miżjuda mill-proteina Lambda spike

Figura 1.Infettività medjata minn proteini spike differenti.

(A) Rappreżentazzjoni skematika tal-proteina spike SARS-CoV-2 u l-varjanti użati f'dan l-istudju. In-nisel huwa indikat fil-parentesi. RBD, dominju li jgħaqqad ir-riċettur, CM; denb ċitoplasmiku.

(B) Titrazzjoni tal-psewdotipi ta 'kull nisel bl-użu ta' ammonti ekwivalenti ta 'HIV-1 p24. L-attività luciferase tal-firefly ġiet imkejla bħala unitajiet ta 'luminixxenza relattiva (RLU) fi 48 siegħa wara l-infezzjoni. Il-medja u l-SD ġew ikkalkulati minn esperiment triplikat rappreżentattiv.

Sussegwentement, użajna l-viruses psewdotipati msemmija hawn fuq biex wettaqna analiżi tan-newtralizzazzjoni billi użajna 79 kampjun tal-plażma minn ħaddiema tal-kura tas-saħħa b'saħħithom mill-Universidad de Chile u l-Clínica Santa María f'Santiago, iċ-Ċili.

Aħna eskludejna 4 kampjuni billi ma stajniex nikkalkulaw titru ID50. Mill-kampjuni analizzati, 73% jikkorrispondu għal nisa, età medjana 34 sena (IQR 29 - 43) u indiċi massimu tal-ġisem (BMI) ta '25 (IQR 22.7 - 27). 20.5% tal-parteċipanti ddikjaraw li huma jpejpu attivi waqt li dam il-perjodu ta 'tilqim. Kampjuni nkisbu f’medjan ta ’95 jum (IQR 76 - 96) wara t-tieni doża tal-vaċċin CoronaVac

Aħna osservajna li n-newtralizzazzjoni tal-virus psewdotipat li jġorr il-proteina spike tat-tip Wild irriżulta f’dilwizzjoni inibitorja ta ’50% (ID₅₀) titer medju ta '191.46 (154.9 - 227.95, 95% CI,), filwaqt li kien 153.92 (115.68 - 192.16, 95% CI), 124.73 (86.2 - 163.2, 95% CI), 104.57 (75.02 - 134.11, 95% CI ) u 78.75 (49.8 - 107.6, 95% CI) għal viruses psewdotipati li jġorru l-proteina spike mill-mutant D614G jew il-varjanti Alpha, Gamma u Lambda, rispettivament.

Aħna osservajna wkoll li t-titolu tal-medja ġeometrika tal-ID₅₀ titri naqsu b'fattur ta '3.05 (2.57 - 3.61, 95% CI) għall-virus psewdotipat li jġorr il-Lambda spike, 2.33 (1.95 - 2.80, 95% CI) għall-Gamma spike, 2.03 (1.71 - 2.41, 95% CI) għaċ-spike Alpha u 1.37 (1.20 - 1.55, 95% CI) għall-spike D614G meta mqabbel mal-spike tat-tip Wild.

L-ebda korrelazzjoni bejn is-sess, l-età, l-indiċi tal-massa tal-ġisem (BMI) jew l-istat tad-duħħan u titri ta 'antikorpi newtralizzanti ma kienu osservati fil-koorti ta' studju tagħna.

Figura 2.Analiżi tan-newtralizzazzjoni bl-użu ta 'kampjuni tal-plażma mill-vaċċinati CoronaVac

(A) Bidliet fit-titru reċiproku ta 'newtralizzazzjoni ta' 50% (ID₅₀) f'kampjuni tal-plażma minn 75 riċevitur tal-vaċċin CoronaVac kontra d-D614G (nisel B), Alpha (nisel B.1.1.7),

Gamma (nisel P.1) u Lambda (nisel C.37) varjanti meta mqabbla mal-virus tat-tip selvaġġ. Ir-riżultati huma murija bħala d-differenza fit-titri tan-newtralizzazzjoni tal-kampjuni mqabbla. Valuri P għat-tqabbil tal-ID₅₀ huma kkalkulati bit-test tar-rank iffirmat minn Wilcoxon.

(B) Plots tal-kaxxa indikaw il-medjan u l-firxa interkwarili (IQR) ta 'ID₅₀ għal kull virus psewdotipat. Bidliet fil-fattur huma murija bħala d-differenza tat-titru tal-medja ġeometrika fl-ID₅₀ meta mqabbel ma 'dawk għall-virus psewdotipat tat-tip Wild. Analiżi statistiċi twettqu bl-użu tat-test Wilcoxon ta 'pari mqabbla ffirmati.

Flimkien, id-dejta tagħna wriet li l-proteina spike tal-varjant ta 'interess rikonoxxut reċentement Lambda, li jiċċirkola ħafna fiċ-Ċili u l-pajjiżi ta' l-Amerika t'Isfel, iġġorr mutazzjonijiet li jagħtu aktar infettività u l-abbiltà li jaħarbu minn antikorpi newtralizzanti li jitnisslu minn CoronaVac.